少し前から、Macbookからこのサイトを動かしているサーバーにssh接続しようとすると Permission denied (publickey) のエラーが出て接続できていなかった。

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特にサーバーの設定とかいじっていなかったので原因がよくわかっていなかったが、下記と同じ問題だったようで解決した。

sign_and_send_pubkey: no mutual signature supported #SSH - Qiita

MacOSのバージョンアップで、ssh接続の際のデフォルトが変わったらしく、追加の設定を書き加える必要があったみたい。
大変な変更をせず、また接続できるようになって一安心。